那慈航大殿是用石块修建的基座和墙体，屋顶则是用一些贵重的木材修建，外面铺上了金黄色的琉璃瓦。通往慈航大殿的石阶台基上，写有“普渡慈航”四个大字。而大殿的牌匾上则是“慈航大殿”四字。